Idir Bitam

Cette équipe est située à  Ecole Supérieure des Sciences de l’Aliments et Industries Agro-Alimentaire d’Alger (ESSAIA)  à Alger. Le personnel enseignant chercheur est 100% Algérien. Cette équipe partenaire ne dépendant d’aucune tutelle française. Cependant ce partenariat est l’évolution d’une JEAI de l’IRD (2011-2014) de l’IRD.

Stratégie Scientifique et Projets

Le Laboratoire

Le principal objectif structurel de notre équipe est l’établissement définitif d’un laboratoire de recherche à Alger, hébergé par une structure sous l’autorité du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique (MESRS) en Algérie. Notre laboratoire est actuellement situé sur le campus de l’Ecole Supérieure des Sciences de l’Aliments et des Industries Agro-Alimentaires d’Alger (ESSAIA). Là, les professionnels de la Science des Industries Alimentaires et Alimentaires sont formés avec des liens étroits avec les partenaires de l’industrie alimentaire non seulement régionaux mais aussi nationaux. Récemment créé, l’ESSAIA propose un environnement de formation convivial et dynamique, avec différentes leçons et infrastructures de formation (laboratoires, bibliothèque, salles multimédia …) nécessaires au développement et au développement scientifique de ses étudiants. L’ESSAIA, offre une éducation équilibrée entre cours magistraux, didacticiels et enseignements pratiques combinant les sciences scientifiques, technologiques, humaines et sociales, favorisant la polyvalence et le futur diplômé pluridisciplinaire bien formé en gestion de projet, en management et en travail d’équipe.

Nous souhaitons développer une plateforme technologique multidisciplinaire inspirée par la création et le fonctionnement de la fondation IHU Méditerranée infection (IHU-MI), dont l’UMR VITROME bénéficie des plateformes, avec les équipements les plus modernes, pour une utilisation transdisciplinaires, de la microbiologie à l’entomologie, de la recherche au diagnostic. Le proof of concept de l’efficacité de transfert de technologie de haut niveau a été amorcé avec la mise en place d’appareils MALDI-TOF et de laboratoire Point of Care au Sénégal dans le cadre l’UMR VITROME, avec son équipe au Sénégal.

Les projets

Le développement du laboratoire se fait dans le cadre de la réalisation de 6 grands projets scientifiques. Chaque projet fera appel à différents spécialistes et chercheurs de différents domaines: Entomologie médicale vétérinaire et agricole, bactériologie médicale, vétérinaires, infectiologues, spécialistes de la protéomiques.

Projet 1 : Mise au point et utilisation du MALDI-TOF en Entomologie en Algérie

Depuis trois ans nous avons développé en partenariat avec les équipe de VITROME, une technologie innovante pour l’identification des arthropodes: le MALDI-TOF. Cette technologie permet de comparer très finement les contenus et profils protèiques des échantillons analysés. Nous allons poursuivre et développer ces travaux en bénéficiant de la plateforme de VITROME puis en développant celle du LMI REMEDIER avec l’acquisition d’un plateau de biologie moléculaire et en acquérant un appareil MALDI TOF pour l’identification des arthropodes en Algérie. Ceci comprendra plusieurs étapes : Pour chaque groupe, il faudra :

• Effectuer des collectes sur le terrain en Algérie et Identifier les arthropodes  morphologiquement et par biologie moléculaire
• définir à partir de quel échantillon d’arthropode travailler (idéalement le plus petit, comme les pattes, pour pouvoir conserver le reste du corps pour d’autres techniques ou d’autres études)
• construire une base de données de profils protéiques à partir du plus grand nombre de spécimens parfaitement identifiés morphologiquement avec confirmation par biologie moléculaire si besoin
• effectuer des tests à l’aveugle pour vérifier si les identifications sont correctes, c’est à dire si des spectres obtenus de spécimens à tester sont reconnus par la base de données.
• implémenter la base de données avec de nouvelle espèces

Nous essaierons également d’utiliser Maldi Tof pour différencier les arthropodes infectés ou non par des bactéries ou des parasites, et élargir son utilisation à l’entomologie agricole.

Projet 2 : Etude du répertoire des bactéries associées aux arthropodes

Depuis quelques année, nous avons utilisés les arthropodes comme outil épidémiologique pour connaitre la répartition géographique de microorganismes auxquels ils sont associés et dont ils sont potentiellement vecteurs.Ces données permettent d’alerter pour les cliniciens sur la présence de ces agents pathogènes et suscitent des enquêtes cliniques ou des tests diagnostiques chez les patients. Nous souhaitons développer notre plateforme de biologie moléculaire à Alger pour poursuivre ces travaux. D’autre part, Après avoir étudiés les bactéries associées aux tiques dures telles que décrites ci- dessus, nous avons pour objectif d’étudier les bactéries mais aussi les eucaryotes associés :

• aux poux : humains et d’animaux qui seront collectés afin de connaître les bactéries qui leur sont associés. Elles seront détectées par biologie moléculaire et identifiées par séquençage
• aux puces : nous allons notamment détecter par biologie moléculaire Y. pestis, l’agent de la peste, qui avait réémergé en Algérie en 2003 dans des puces collectées sur le terrain afin d’étudier la persistance des foyers dans le pays. Nous testerons si les foyers de peste sont situés de manière significative près des sources de sel. En effet, le sel pourrait être l’un des facteurs contribuant au maintien des foyers de peste en Afrique du Nord et en Eurasie.
• Aux tiques molles (Argasidae) : nous récolterons des tiques molles dans les terriers des rongeurs, ainsi que dans les nids d’oiseaux. Les tiques seront identifiées par des outils morphologiques, le séquençage des gènes et MALDI TOF. La prévalence des infections à Borrelia, Rickettsia, Anaplasma dans les tiques sera évaluée par des tests de type qPCR. Très peu de données existent sur les bactéries associées aux tiques molles en Algérie y compris, les Borrelia du groupe récurrent, qui sont pourtant, partout où elles ont été étudiées, responsable d’un grand nombre de « fièvre d’origine inconnue » chez les patients

Enfin, le MALDI-TOF sera également évalué pour la détection d’agents infectieux au sein de ces arthropodes.

Projet 3 :   Surveillance des agents zoonotiques et des pathogènes animaux vectorisés

Diverses études seront menées pour surveiller l’infection des animaux domestiques et sauvages en Algérie. Ces travaux, complémentaires des études entomologiques décrites ci-dessus et faisant appel à la même approche technologique, incluront: la surveillance de Yersinia pestis, agent de la peste en zone rural, chez les rongeurs mais aussi chez les animaux domestiques à Alger; le criblage des bactéries associées aux hérissons (dont le rôle zoonotique a toujours été suspecté en Algérie mais jamais clairement démontré) et à leurs ectoparasites. En collaboration avec l’Institut Pasteur d’Alger, des travaux seront menés sur la recherche du réservoir naturel du virus du Nil occidental et d’autres arboviroses vectorisées.

Projet 4 : Utilisation du MALDITOF en microbiologie clinique

Une fois en place à Alger, et le proof of concept de son utilisation simple en entomologie médicale, l’appareil pourra être utilisé en microbiologie clinique pour identifier les bactéries isolées de patients dans les services d’infectiologie de nos partenaires. Il sera utilisé pour l’entomologie médicale mais sera également utilisé comme un outil pour démarrer des collaborations avec des médecins vétérinaires et médicaux et des chercheurs en Algérie.

Projet 5 : Etudes Cliniques : rickettsioses, maladies bactériennes vectorisées et fièvres d’origine indéterminées

Nos partenaires et correspondants cliniciens infectiologues à Alger, Oran et Tizi Ouzou ont été impliqués ces dernières années dans le décryptage des étiologies des fièvres en Algérie, ainsi que dans les aspects cliniques des rickettsioses transmises par les tiques et les puces. Nous poursuivrons les enquêtes cliniques et épidémiologiques et utiliserons les plateformes technologiques pour un diagnostic rapide et des identifications précises des espèces bactériennes responsables. Là encore, les plateformes développées pour l’entomologie pourront être utilisé sur les prélèvement clinique Des enquêtes entomologiques seront effectuées autour des cas. Les laboratoires diagnostic de références de VITROME et plus généralement de l’IHU Méditerranée Infection seront sollicités en appui et en contrôle qualité.

Projet 6 : Utilisation de la plateforme pour la création de laboratoire Point-of Care

Le développement des plateaux technologiques au sud ont pu permettre de transférer le concept des POC dans certains pays, comme les équipes de VITROME au Sénégal. Ces laboratoires permettent de donner des résultats dans le temps du soins. Le proofs of concept a été fait en Algérie en utilisant des prélèvements simples chez des patients suspects de Fièvre boutonneuse méditerranéenne, avec écouvillonnage de l’escarre cutané, envoyé à Marseille pour une PCR en temps réel. Ce type de prélèvement pourra être envoyé à la plateforme que nous allons développer à Alger car c’est la même technologie qui identifie les bactéries dans une escarre cutanée d’un patient comme directement à partir du liquide articulaire de la tique.

REMEDIER

Nous souhaitons poursuivre le développement du projet  «REMEDIER» pour Recherche en Entomologie et Dans les Infections Méditerranéennes Emergentes ou Réémergentes, afin de structurer le partenariat entre notre équipe algérienne et l’UMR IRD-AMU VITROME. Le projet pourra s’élargir sous la forme d’un réseau méditerranéen avec une base  à Marseille et Alger. Des chercheurs mais aussi des cliniciens infectiologues seront impliqués.