Surveillance épidémiologique et moléculaire des maladies infectieuses
UMR D 257 Vecteurs – Infections Tropicales et Méditerranéennes (VITROME)
Aix-Marseille Université (AMU), Institut de Recherche pour le Développement (IRD) – Service de Santé des Armées (SSA)
Objectifs
Surveillance spécifique à l’échelle de la population
- Surveillance des maladies infectieuses au niveau local (AP-HM) et régional (Provence-Alpes-Côte d’Azur).
- Enquêtes sur les maladies infectieuses des voyageurs (Eurotravnet, GeoSentinel).
- Enquête sur les maladies infectieuses dans la population des sans-abri de Marseille.
Surveillance nationale des maladies infectieuses par les centres de référence
- Surveillance par le centre de référence des rickettsioses, bartonelloses et fièvre Q.
Innovations dans les méthodes de surveillance des maladies infectieuses
- Caractérisation des spécificités génomiques et génotypiques des pathogènes émergents et développement d’outils de détection moléculaire spécifiques des pathogènes émergents
- Développement de la surveillance moléculaire basée sur la spectrométrie de masse MALDI-TOF des événements épidémiologiques
- Développement de méthodes d’évaluation et d’optimisation des algorithmes de détection des éclosions.
- Développement d’une plateforme de simulation pour l’étude des comportements et des compétences de surveillance (Project SOAP/DGA)
Thèmes de recherche
1) Surveillance spécifique axée sur la population
Les maladies infectieuses demeurent un problème majeur de santé publique dans le monde et leur surveillance est critique. Par conséquent, le développement de systèmes de surveillance pour lutter contre les maladies infectieuses est un domaine en plein essor, qui mobilise de plus en plus de pays et de ressources. Nous envisageons de poursuivre et d’étendre plusieurs surveillances actuelles.
a) Surveillance des maladies infectieuses aux niveaux local (AP-HM) et régional (Provence-Alpes-Côte d’Azur).
À ce jour, nous avons mis au point plusieurs logiciels de surveillance spécifiques de maladies et de syndromes pour la surveillance des données des laboratoire de microbiologie de l’AP-HM, y compris EPIMIC, une base de données automatisée pour surveiller 270 items sur un rythme hebdomadaire [1]; BALYSES, qui surveille actuellement 780 espèces bactériennes; MARSS, qui surveille 65 phénotypes de résistance [2,3]. Ces surveillances ont récemment été étendues au niveau régional sous la forme du réseau PACAsurv qui couvre aujourd’hui 11 consortiums de laboratoires pour une population globale de 5 millions de personnes et permet la surveillance de 673 espèces bactériennes.
b) Surveillance des maladies infectieuses chez les voyageurs
i. surveillance des maladies associées aux voyages par le biais de réseaux internationaux
Grâce à des collaborations avec les réseaux internationaux que nous coordonnons et ):
- émergence des infections chez les voyageurs européens.
- Profil des maladies associées aux voyages chez les voyageurs vus dans les hôpitaux de l’AP-HM à Marseille.
- Schéma clinique des infections à virus Chikungunya chez les voyageurs dans le monde entier.
- Prophylaxie post-exposition à la rage offerte aux voyageurs pendant leur séjour à l’étranger.
- Conséquences à long terme des infections par les virus Chikungunya, dengue, Zika, et du paludisme à Plasmodium falciparum.
- Maladies infectieuses associées aux rassemblements de masse internationaux.
ii. Pèlerins du Hajj et bactéries résistantes aux médicaments
Nous procéderons à des sondages prospectifs de cohortes portant sur le transport rectal et respiratoire des bactéries multi-résistantes avant et après le Hajj chez les pèlerins consultant à notre clinique des voyageurs
iii. Perception du risque des maladies infectieuses par les voyageurs de Marseille
Nous conduirons des études de perception des risques chez les voyageurs qui consultent pour des conseils pré-voyage.
c) Surveillance des maladies infectieuses dans la population des sans-abri de Marseille
Nous souhaitons mener annuellement des enquêtes transversales de 1 jour dans deux foyers de sans-abri de la ville, afin d’évaluer le profil des maladies infectieuses et de leur transmission dans cette population particulièrement exposée aux maladies transmissibles et d’évaluer les facteurs de risque et les tendances, dans le but de détecter l’émergence de maladies infectieuses et d’alerter les autorités sanitaires.
2) Surveillance nationale des maladies infectieuses associées aux centres de référence
Notre laboratoire est le centre de référence français pour le diagnostic et l’étude des rickettsioses, de la fièvre Q et des bartonelloses depuis 30 ans. Nous avons décrit plus de 20 nouvelles maladies et/ou formes cliniques causées par ces micro-organismes, et développé des outils diagnostiques de référence et des protocoles thérapeutiques et des recommandations qui sont actuellement utilisés dans le monde entier [4]. Nous souhaitons poursuivre la surveillance de ces infections zoonotiques, avec pour objectif de détecter tout événement anormal, d’alerter les autorités sanitaires et de décrire ces nouvelles maladies.
3) Innovations dans les méthodes de surveillance des maladies infectieuses
a) Identification des spécificités génomiques et génotypiques des pathogènes émergents et développement d’outils de détection et analyse moléculaires
- Détection rapide des facteurs de virulence et résistance des isolats cliniques
- Développement de logiciels dédiés à la détection des gènes associés à la résistance aux antibiotiques ou à la comparaison automatisée des génome des isolats bactériens.
- Développement de pipelines automatisés d’assemblage et d’annotation de génomes.
- Développement d’outils de génotypage et de PCR spécifique et ultra-sensibles.
b) Identification rapide des complexes clonaux par spectrométrie de masse MALDI-TOF
c) Elaboration de méthodes d’évaluation et d’optimisation des algorithmes de détection des épidémies
d) Développement d’une plateforme de simulation pour l’étude des comportements et des capacités de surveillance